Рекомендации даны в письме от 26 мая 2015 года № 03-07-14/30264. При реализации товаров (работ, услуг) компаниями, которые освобождены от уплаты НДС, счета-фактуры составляются без выделения НДС (п. 5 ст. 168 НК РФ). При этом на счетах-фактурах делается соответствующая надпись или ставится штамп "Без налога (НДС)".
Если счета-фактуры выставляются с выделенной суммой НДС, компании, которые освобождены от обязанности его уплачивать, перечисляют в бюджет всю сумму налога, указанную в счете-фактуре, переданном покупателю (п. 5 ст. 173 НК РФ).